در آیین‌نامه انجمن‌های علمی دانشجویی، سازوکار انتخابات دقیق تشریح شده است؛ یعنی مراحل: ثبت نام کاندیداتوری، تأیید صلاحیت، اعلام کاندیداهای تأیید صلاحیت شده و روز انتخابات. کارشناسان معاونت فرهنگی و اجتماعی با همکاری دبیران فعلی انجمن‌های علمی دانشجویی زمینه انتخابات انجمن ها را فراهم می کنند. البته شورای مرکزی انجمن که متشکل از 5، 7 و یا 9 نفر است با انتخابات معین می شود منتها هر انجمن می تواند تعداد نامحدودی عضو داشته باشد البته با رعایت رشته تخصصی.